本中心对实验教学、实验室管理、实验室人员管理、仪器设备和低值易耗品的管理和使用等实行制度化管理。为加强实验室建设，规范实验室管理，学校和学院制定了《曲阜师范大学实验教学示范中心建设管理办法》《曲阜师范大学仪器设备管理办法》《曲阜师范大学本科实验教学实施管理规定》《高等学校材料、低值品、易耗品管理办法》《实验室生物安全管理规定》等一系列规章制度，确保了各项工作的开展有章可循、有规可依。

中心实行开放式管理，在实验教学上课之外，大部分实验室面向学生开放，以便于学生利用课余时间开展科研探究或创新创业训练等活动。中心建设有专门的综合创新实验平台现代生物中心实验室，全天向学生开放。中心大型仪器也面向全校开放，各种开放仪器名称、简介和使用方法均在“大型仪器共享平台”公布，使用者可以自主完成预约和样品测试。

中心基础设施维护维修主要由校聘物业公司和校后勤部门完成，各科室都有专人负责日常管理。仪器设备更新和低值易耗品购置的经费主要来自学科建设项目、学校教学设备费和耗材费等专项经费，以及部分科研经费。同时，学校每年投入50万元专项经费对中心仪器设备进行维护和维修，确保了仪器设备的完好率和利用率，进而保证了实验教学等各项工作的顺利开展。