本中心成立于2002年，同年被列为曲阜师范大学重点实验室。2008年被评为“山东省普通高等学校实验教学示范中心”“山东省高等学校一类实验室”。2010年设立“现代生物学虚拟仿真实验教学中心”，并于2016年入选为“国家级虚拟仿真实验教学中心”。

中心设有教学实验室14个，生物标本馆2个，实验室总面积9000余平方米，仪器设备总值7600余万元。建成数字化实验项目49个，2项入选国家级虚拟仿真实验教学项目；5门课程入选山东省一流本科课程，编写实验教材13部，获得省级教学成果奖3项。承担45门实验课程，年实验学生数1800余人，完成实验220000人时数/年。承担本科生科研训练计划项目100余项，学生每年获得省部级以上创新奖励50余项，发表学术论文100余篇，总体考研率近60%。每年接待中小学研学交流10余次，完成企业合作研发项目20余项，社会服务效果好，中心已建设成为省内一流、国内有一定影响的实验教学基地。