“生物工程”专业旨在培养掌握生物技术及其产业化的科学原理、工艺技术和工程设计等基础理论、基本技能，能在生物工程技术领域从事设计、生产、管理、新技术研究和新产品开发的工程技术人才。曲阜师范大学生物工程专业的基本思路是突出生物工程的实践性、应用性、技术性，遵循理论实践交融，扩大学科专业视野，紧跟技术最前沿的方针，追求特色发展。建设设想是与企业合作，建立校企合作、产学研结合的人才培养模式。经过9年的专业建设和改革，本专业已成为山东省生物工程专业人才培养基地，为山东省“一体两翼和海洋经济发展战略”的绿色经济社会提供高质量专业人才，推动山东省生物工程产业可持续发展。2012年被批准为国家级“高等学校专业综合改革试点”专业。

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